Depuis 1620, Louis XIII, par l'entremise de son ministre Richelieu, mène une lutte acharnée contre les protestants, mais ce n'est qu'en 1627 qu'il s'attaque à la ville de La Rochelle, leur base principale en France. La ville assiégée n'hésite pas à demander secours à l'Angleterre qui utilise ce prétexte pour lancer l'assaut contre la France et détruire la flotte navale qu'elle construisait. La guerre est déclarée.

Le roi d'Angleterre, Charles 1er, espère pouvoir profiter de cette situation et s'enrichir en mettant la main sur le commerce des fourrures. Il envoie sans plus tarder les frères Kirke s'emparer des postes de traite de la Nouvelle-France. L'expédition anglaise arrive dans l'estuaire du Saint-Laurent en 1628 et prend Tadoussac. Elle saisit également un navire qui transporte des provisions pour Québec. David Kirke, chef de l'expédition, envoie des pêcheurs basques demander à Champlain de se rendre. Mais celui-ci refuse, car il attend du secours de France. Les frères Kirke renoncent donc à attaquer Québec et rentrent en Angleterre. Sur le chemin du retour, ils rencontrent la flotte française que Champlain attendait et réussissent à s'en emparer. Une deuxième flotte anglaise dirigée par les frères Kirke revient l'année suivante, plus déterminée que jamais à s'emparer de Québec.

La tâche des frères Kirke n'est pas difficile puisque les hivers de 1628 et 1629 ont beaucoup affaibli la population. Les bateaux destinés à approvisionner la colonie ont été interceptés par les Anglais et la famine sévit. Certains Français doivent d'ailleurs se réfugier chez les Algonquins pour ne pas mourir de faim. Les habitants sont à bout de force, condamnés à se nourrir de racines, en particulier de rhizomes comestibles. Aussi n'ont-ils pas la force de résister à l'arrivée des frères Thomas et Lewis Kirke, envoyé par David resté à Tadoussac.

Lorsque la flotte anglaise débarque à Québec, Champlain n'en croit pas ses yeux. Lui-même n'a jamais osé remonter le fleuve Saint-Laurent au-delà de Tadoussac, jugeant la navigation trop risquée. Le 19 juillet 1629, il se résigne donc à se rendre sachant qu'il n'a aucune chance de repousser ses ennemis. Il sait également que les frères Kirke ont brûlé les récoltes de maïs, capturé des Jésuites, massacré des Gaspésiens et que Tadoussac est déjà sous leur emprise.

Champlain remet donc les clés du fort aux frères Kirke. Les Français sont traités avec respect. Ils se rendent avec leurs armes, leurs habits et leurs pelleteries. Ils sont ensuite conduits à Tadoussac où un vaisseau les attend pour les ramener en Europe. Quelques Français dont la veuve de Louis Hébert, Guillaume Couillard et Nicolas Marsolet décident toutefois de rester dans la colonie, ce sont pour la plupart des agriculteurs et des interprètes.

Champlain prend place sur le navire qui le ramène en France avec le goût amer de la défaite. Il voit ses années de travail, ses rêves et ses espoirs s'envoler en fumée. C'est n'est qu'au cours de la traversée qu'il apprend, en croisant un autre navire, que la France est victorieuse et que la guerre était terminée lorsque l'Angleterre s'est emparé de Québec. Mais il est trop tard… Presque la totalité de population est à bord. Champlain ne renonce pourtant pas son projet de colonisation. Il promet de remettre les pieds à Québec et le temps lui donne raison. Trois ans plus tard, la colonie d'Amérique du Nord est restituée à la France par le traité de Saint-Germain-en-Laye.