Cette croyance en pousse plusieurs à joindre les rangs de la Compagnie et à s'engager dans un véritable combat contre le Diable. Dans l'esprit des Jésuites, ceux qui ne sont pas catholiques sont à coup sûr possédés par les forces du mal. Il est de leur devoir de sauver leur âme. On s'efforce de convertir autant les protestants, les paysans " ignorants ", les peuples " païens " du Moyen-Orient, les Turcs, les " idolâtres " des Indes que les " Sauvages " du Canada.

La Compagnie de Jésus envoie ses missionnaires partout à travers le monde dont quelques-uns en Amérique du Nord. Les Jésuites croient que ces " Sauvages " étaient là à la Création du Monde, que ce sont des chrétiens dont parle l'Ancien Testament. Ces peuples se seraient égarés perdant ainsi la trace de Dieu. Les missionnairesreconnaissent d'ailleurs dans les mythes autochtones des allusions au déluge, à la chute du paradis ou aux autres éléments de la tradition chrétienne. Pour eux, il n'y a pas de doute : les Sauvages sont les enfants du Seigneur et ils doivent les remettre sur le droit chemin.

Le fondateur Ignace de Loyala a conçu la Compagnie de Jésus comme une armée. Les Jésuites se perçoivent comme des soldats de Dieu, ils viennent en Nouvelle-France pour combattre le Diable sur son propre terrain. Mais la guerre est moins facile qu'ils l'avaient cru au départ. Les Amérindiens écoutent les missionnaires sans pour autant changer leurs habitudes. Et pourtant, les Jésuites ne se découragent pas, ils viennent chez les peuples autochtones toujours plus nombreux avec l'espoir de les convertir.

Leur programme de christianisation repose sur trois méthodes : les séminaires, les réductions et les missions.

Les séminaires sont destinés aux jeunes Amérindiens. Les Jésuites sont persuadés qu'en coupant les jeunes de leur famille, ils les assimileront plus aisément. En 1636, ils ouvrent un séminaire à Notre-Dame-des-Anges. Mais rares sont les parents qui consentent à laisser leurs enfants entre les mains des Français. Le séminaire reçoit donc très peu d'étudiants. Les Jésuites, qui comptaient sur leurs nouvelles recrues pour convertir la communauté entière, s'aperçoivent que ces jeunes n'ont aucune influence dans la tribu. Ils se rendent donc à l'évidence : le projet est un échec. Les Jésuites doivent trouver une autre solution.

Les réductions consistent alors à sédentariser les peuples nomades pour mieux les contrôler et éventuellement les mener à la civilisation chrétienne. On crée des bourgades et on incite les Amérindiens à venir s'y installer. En 1642, il y a entre 35 et 40 familles établies à la réduction de Sillery fondée en 1637, mais les méthodes de conversion des Jésuites en rebutent plusieurs. Les Autochtones perdent toute liberté. Ils ne peuvent plus chasser comme avant ni pratiquer leur religion sous peine de châtiments corporels. Leur mode de vie est complètement bouleversé, les Amérindiens sont malheureux et la réduction finit par sombrer dans la famine, la misère et le deuil. Encore une fois, c'est un échec.

Les missions sont, quant à elles, conçues en réponse aux réductions. Ce sont maintenant les Jésuites qui vont vers les Amérindiens. Ils s'établissent dans les communautés où ils ont leur propre maison longue et leur chapelle. Les missionnaires choisissent d'abord de convertir les Hurons, puisque ce peuple est sédentaire. En 1636, ils construisent un poste permanent au cœur de la Huronie, Sainte-Marie. En 1642, la mission compte déjà 200 fidèles. Mais les raids iroquois s'intensifient et anéantissent la Huronie en 1649 et la mission Sainte-Marie.