Dans l'esprit des Amérindiens, un sorcier est un homme redoutable, en relation avec les forces de l'au-delà. Il fait autant le bien que le mal. Il peut guérir, mais aussi rendre malade en jetant un sort. Si, dans un premier temps, les Indigènes sont séduits par les missionnaires, ils ne tardent pas, dès les premières épidémies, à les pointer du doigt et à les accuser de tous les maux.

Les populations amérindiennes sont très sensibles aux maladies des Européens. Une petite vérole, une rougeole ou même une grippe suffit à décimer des villages entiers. Les missionnaires se précipitent au chevet des mourants ; ils espèrent ainsi envoyer le plus d'âmes possibles au paradis. Mais les Amérindiens voient d'un œil étrange cet empressement à baptiser les agonisants ; ils croient que cet acte prépare la rentrée dans l'autre monde.

Très vite, on associe la mort aux missionnaires ; leur discours sur l'enfer en rebute d'ailleurs plus d'un. Si au départ on se méfie et on se moque d'eux, on n'ose cependant pas leur faire de tort de peur de compromettre l'alliance commerciale avec les Français. Mais dès la première épidémie, en 1636, on suspecte sérieusement les religieux, on les tient responsables de la maladie et on accumule des preuves contre eux. On leur demande clairement de retourner à Québec sans quoi ils risquent d'être tués.

Les missionnaires ne sont pas effrayés par de telles menaces, au contraire. Le sang est presque nécessaire, car il est la semence des Chrétiens. Les religieux sont donc décidés à rester parmi les Indigènes. Ils tentent de les convertir coûte que coûte ; ils sont prêts à mourir au nom de la nouvelle Jérusalem. Leur devoir est de baptiser, puis de conduire les païens au salut éternel ; rien ne pourra les en empêcher.

Au fil du temps et des épidémies, les nations indigènes deviennent de plus en plus réfractaires à l'œuvre des religieux et le pire finit par arriver : un missionnaire, le père Noël Chabanel, est accusé de sorcellerie et assassiné par les Hurons. Il devient un des Saint Martyrs canadiens.

À cette époque, les Iroquois se lancent dans une série de raids contre la Huronie et les jésuites qui s'y trouvent sont faits prisonniers. Il en est ainsi des pères Jean de Brébeuf, Gabriel Lalemant, Isaac Jogues, Antoine Daniel, Charles Garnier et des données Jean de Lalande et René Goupil qui sont torturés, puis mis à mort. Le père Gabriel Lalemant, par exemple, endure les pires sévices. On lui coupe des doigts, on l'enveloppe dans de l'écorce à laquelle on met le feu, on le baptise à l'eau bouillante. Et pourtant le jésuite est persuadé, tout au long des tortures, que le sacrifice de sa vie sauvera les âmes païennes de l'emprise de Satan.